「新NISAで投資を始めたけれど、確定申告は必要なの？」「特定口座とNISAを両方使っている場合はどうなるの？」。確定申告のシーズンになると、こうした疑問を抱える方が増えてきます。
結論から言うと、新NISAの口座で得た利益は原則として確定申告不要です。非課税制度なので、税務申告をする必要がありません。ただし、一部の例外ケースでは確定申告が必要になることもあります。
本記事では、新NISAと確定申告の関係を整理し、申告が不要な場合と必要になる場合をわかりやすく解説します。
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新NISAの確定申告が「原則不要」な理由
非課税＝税務上の所得にならない
新NISAで得た売却益や配当金は非課税所得として扱われます。つまり、税務上は「所得が発生していない」のと同じ状態です。所得がないのだから申告する必要もない、というのが基本的な考え方です。
年末調整にも影響しない
会社員の方は毎年年末調整を行いますが、新NISAの運用結果は年末調整にも影響しません。NISA口座でいくら利益が出ても、給与所得に加算されることはありませんし、源泉徴収票に記載されることもありません。
- 新NISAの売却益 → 確定申告不要
- 新NISAの配当金（株式数比例配分方式） → 確定申告不要
- 新NISAの分配金（投資信託） → 確定申告不要
- 年末調整への影響 → なし
ややこしくなるのは、NISA以外の口座も持っているときです。「どこまでが申告不要で、どこからが自分でやる話なのか」を毎年調べ直すのが面倒だと感じる方は、確定申告の流れを一冊にまとめた本を手元に置いておく方法もあります。
確定申告が必要になる例外ケース
ケース1：配当金の受取方式が「株式数比例配分方式」以外の場合
これは新NISAで最も注意すべきポイントです。個別株やETFの配当金を非課税で受け取るためには、配当金の受取方式を「株式数比例配分方式」に設定しておく必要があります。
「登録配当金受領口座方式」や「配当金領収証方式」を選んでいると、NISA口座で保有している銘柄であっても配当金に課税されてしまいます。この場合、確定申告で取り戻せるケースもありますが、手続きが煩雑になるため、最初から株式数比例配分方式を選んでおくのがおすすめです。
ケース2：特定口座の損失とNISA外の利益を通算したい場合
新NISAの損益は通算できませんが、特定口座の損失と他の特定口座の利益を通算したい場合は、確定申告（申告分離課税）が必要になることがあります。これはNISAの話ではなく特定口座同士の話ですが、NISAを併用している方は混同しやすいので注意しましょう。NISA口座の損失が通算できない理由は、以下の記事で詳しく解説しています。
ケース3：外国株の配当で外国税額控除を受けたい場合
米国株など外国株式の配当金には、現地で源泉税がかかります（米国株は10%）。通常の課税口座であれば、確定申告で「外国税額控除」を申請して二重課税の一部を取り戻せます。
ただし、新NISAで保有する外国株の配当に対しては外国税額控除の適用を受けられません。日本側の税金がそもそもゼロなので、控除する税金がないためです。この点は確定申告をしても変わりません。
ケース4：NISA以外の投資所得がある場合
新NISAとは別に、特定口座（源泉徴収なし）や一般口座で投資をしている場合は、その利益について確定申告が必要になります。NISA口座の分は不要ですが、他の口座分は別途申告が必要です。
特定口座（源泉徴収あり）と新NISAの組み合わせ
源泉徴収ありの特定口座なら基本的に申告不要
新NISAと「特定口座（源泉徴収あり）」を併用している場合、どちらの口座も確定申告は原則不要です。
- NISA口座 → 非課税なので申告不要
- 特定口座（源泉徴収あり） → 証券会社が自動で税金を計算・納付するので申告不要
確定申告したほうが得なケース
以下の場合は、確定申告をすることで税金が戻ってくる可能性があります。
- 複数の証券会社で特定口座を持っていて、ある会社で利益・別の会社で損失が出た場合（口座間の損益通算ができる）
- 年間の所得が少なく、配当控除を活用したほうが税率が低くなる場合
- 特定口座で損失が出て、繰越控除を利用したい場合
ただし、確定申告をすると合計所得金額が増えるため、扶養控除や住民税の非課税枠に影響が出る場合があります。特に配偶者の扶養に入っている方や住民税非課税世帯の方は注意が必要です。
確定申告をすると所得が増えたとみなされ、国民健康保険料や介護保険料が上がるケースがあります。申告するかどうかは、税金の還付額と保険料の増加額を比較して判断しましょう。判断が難しい場合は税理士や税務署に相談することをおすすめします。
新NISAで確定申告が不要でも「やったほうがいい」こと
年間の投資状況を自分で把握しておく
確定申告が不要だからといって、投資状況をまったく管理しないのは避けましょう。証券会社から届く年間取引報告書（特定口座年間取引報告書）に目を通し、どの銘柄でいくらの利益・損失が出ているかを把握しておくことが大切です。
NISA口座の非課税枠の残りを確認する
新NISAの年間投資枠は360万円（つみたて120万円＋成長240万円）、生涯非課税限度額は1,800万円です。売却すると、売却した分の枠（取得価額ベース）が翌年に復活しますが、上限を超えて投資することはできません。定期的に残枠を確認しましょう。
特定口座の年間取引報告書は大切に保管する
確定申告が不要な方でも、特定口座の年間取引報告書は保管しておくことをおすすめします。万が一、税務署から問い合わせがあった場合に備えて、少なくとも5年間は手元に残しておくと安心です。証券会社のマイページからPDFでダウンロードできる場合が多いので、電子データで保存しておくのも便利です。
紙で届く書類も含めて5年分となると、意外とかさばります。年金や保険の通知とまとめて1か所に集めておけるよう、重要書類用のファイルを用意している方もいます。
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確定申告に関する判断フローチャート
新NISA口座のみで投資している方
新NISA口座だけで投資している方は、確定申告も年末調整も一切不要です。利益が出ても損失が出ても、税務上の手続きは何もありません。
特定口座（源泉徴収あり）とNISAを併用している方
この場合も基本的に確定申告は不要です。ただし、複数の証券会社の特定口座間で損益通算したい場合や、繰越控除を適用したい場合は確定申告が必要になります。
特定口座（源泉徴収なし）や一般口座も持っている方
源泉徴収なしの特定口座や一般口座で20万円を超える利益が出た場合は、確定申告が必要です。NISA口座の利益とは切り離して考え、NISA以外の口座分だけを申告します。
給与所得が2,000万円を超える方
年収2,000万円を超える方は、投資の有無に関わらず確定申告が必要です。この場合も、NISA口座の利益は合計所得に含めません。
よくある質問（Q&A）
Q. 新NISAで損失が出たら確定申告したほうがいい？
新NISA口座の損失は確定申告をしても税制上のメリットはありません。損益通算にも繰越控除にも使えないためです。ただし、NISA以外の口座で損失がある場合は別途検討が必要です。
Q. 新NISAと旧NISAの確定申告の扱いは同じ？
基本的に同じです。旧NISAも新NISAも、口座内の利益は非課税であり、確定申告は原則不要です。
Q. 住民税だけ申告する必要はある？
新NISAの利益は住民税の申告も不要です。ただし、特定口座などの配当・譲渡の所得について、所得税と異なる課税方式を住民税で選ぶ場合は、別途住民税の申告が必要になります。詳細は国税庁のウェブサイトや最寄りの税務署で確認してください。
Q. 確定申告をe-Taxで行うことはできる？
もちろん可能です。e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えば、自宅からオンラインで確定申告書を提出できます。マイナンバーカードとICカードリーダー、またはスマートフォンがあれば利用できます。証券会社からダウンロードした年間取引報告書のデータを読み込ませれば、入力の手間も大幅に削減できるので便利です。
Q. 新NISAの利益はふるさと納税の控除限度額に影響する？
影響しません。ふるさと納税の控除限度額は所得税と住民税をベースに計算されますが、新NISAの利益は非課税所得なので所得に含まれません。ただし、特定口座の利益を確定申告した場合は、その分が所得に加算され、控除限度額が上がる可能性があります。
NISA以外の口座の損益通算や、副業・ふるさと納税などで確定申告が必要になった場合は、確定申告ソフトを使う方法もあります。マネーフォワード クラウド確定申告は、銀行やクレジットカードの明細を取り込んで申告書類を作成できるクラウドソフトで、1か月の無料トライアル（クレジットカード登録不要）が案内されています。申告が必要かどうかの判断に迷う場合は、税務署や税理士に相談してください。
まとめ｜新NISAは確定申告不要。でも例外と注意点は押さえておこう
新NISAの利益は非課税なので、確定申告も年末調整も原則として不要です。ただし、配当金の受取方式の設定ミスや、特定口座との併用時の損益通算など、知っておくべきポイントはいくつかあります。
特に注意したいのは以下の3点です。
- 配当金の受取方式は「株式数比例配分方式」にしておく
- NISA口座の損失は損益通算・繰越控除ができない
- 特定口座の確定申告は保険料への影響も考慮する
確定申告の具体的な手続きは国税庁の確定申告特集ページで確認できます。また、新NISAの制度全般については金融庁の新NISA特設サイトがまとまっています。
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